DÉPARTEMENT DE GÉNIE CHIMIQUE

BCM 20329: INTRODUCTION AU GÉNIE BIOCHIMIQUE, HIVER 2010

2B - CLASSIFICATION



Plan

 


Isolement de cultures pures

Les techniques
 

Techniques stériles

Technique des stries

 
Étalement en profondeur

Observation des phénotypes
 

Morphologie macroscopique: forme des colonies

 
Morphologie microscopique
 
 

Le microscope

 
Taille des micro-organismes

Forme des micro-organismes

 

Forme des arrangements cellulaires



Forme des structures

 

Flagelle
Spore de résistance
Capsule
Mobilité
Mode de division
 

Spores de Bacillus anthracis: elliptiques centrales



 

Phénotypes physico-chimiques, biochimiques, métaboliques

 
Coloration Gram


 

Coloration acido-alcoolo-résistante (Ziehl-Neelsen)  (membrane avec des acides mycoliques (30C))

 
Effet de la température


 

Effet du pH

 

Dépendance à l'oxygène

 

Les types nutritionnels

 

Source de carbone 

Source d'énergie 

Source d'hydrogène/électrons 

Autotrophe

(CO2)

Phototrophe

(photosynthèse)

Lithotrophe

(inorganique)

Hétérotrophe

(organique)

Chimiotrophe

(oxydation)

Organotrophe

(organique)

Dépendance de sources particulières de carbone ou d'azote ou autre

Utilisation de milieux sélectifs.


Utilisation de milieux différentiels


Utilisation de milieu d'enrichissement


Milieux caractéristiques


Les produits de la fermentation

Autres
 

 Utilisation d'anticorps monoclonaux


  Microcheck inc. identifiait les micro-organismes par une analyse des méthyl ester d'acides gras (FAME). Maintenant, une analyse génétique est utilisée.

Galeries API, identification basée sur l'utilisation des sucres et productions de produits (Site de BioMérieux).

 

Algorithme d'identification phénotypique

Comment ça fonctionne

Le logiciel "Probabilistic Identification of Bacteria for Windows" (PIBWin, de T. Bryant, U Southampton)
 

Cliquez ici pour télécharger PIBWin  

Cliquez ici pour télécharger des matrices de probabilité utilisées par ce logiciel

Cliquez ici pour voir la matrice de probabilité utilisée par ce logiciel (en format Excel)

Cliquez ici pour télécharger le logiciel "Crimelab", d'identification du type sanguin

Pour éxécuter "Crimelab" vous aurez besoin d'un petit"driver" appelé "Brun30.exe". Télécharger en cliquant ici et sauver dans le même répertoire que "Crimelab.exe".

Note: ces 2 logiciels sont déjà installés sur les ordinateurs de la salle informatique du département, sous le répertoire "MicroBiol"

Seriez-vous capable de calculer une probabilité d'identification d'espèce bactérienne à partir d'une matrice de probabilité?


LA CLASSIFICATION

Les règnes d'organismes

La classification phylogénétique vs phénétique

La nomenclature

Les rang taxonomiques

Le système binominal

La Classification phénétique des bactéries (Le "Bergey's manual of Systematic Bacteriology")

 

4 volumes, 33 sections

Les volumes:
 

Volume 1

Les Gram négatives d'importance générale

Volume 2

Les Gram positives autres que les actinomycètes

Volume 3

Les Gram négatives à propriétés distinctes, cyanobactéries et archéobactéries

Volume 4

Les actinomycètes (Gram positives filamenteuses)

Le volume 1, Les Gram - d'intérêt médical ou industriel:
 

Section 1: les spirochètes

spirales avec filament axial

Section 2: les aérobies/microaérophiles, mobiles, hélicoïdales/vibrioïdes

vibrioïdes: portion de spirale de moins d'un tour

Section 3: les incurvées non-mobiles

ou rarement mobiles

Section 4: les bacilles et les coques aérobies

groupe très diversifié

Section 5: les bacilles anaérobies facultatifs

Parmi lesquels les entérobactéries

Section 6: les bacilles anaérobies droits, incurvés et hélicoïdaux

la difficulté à cultiver a pu masquer l'importance de ce groupe. produisent acide organiques

Section 7: les réductrices cataboliques du soufre ou des sulfates

anaérobies! coques, bacilles, hélicoïdales et vibrioïdes

Section 8: les coques anaérobies

généralement des diplocoques

Section 9: les rickettsies et les chlamydies

presque toutes des parasites intracellulaires obligés

Section 10: les mycoplasmes

dépourvus de paroi

Section 11: les endosymbiotes

des protozoaires, des insectes, des mycètes et des invertébrés

Les Gram + autres que les actinomycètes
 

Section 12: les coques non sporulants

diffèrent par leur arrangements, leur relation à l'oxygène, la structure du peptidoglycane, etc (Streptocoques, Staphylocoques, streptocoques lactiques et leuconostoc)

Section 13: les bâtonnets et coques formant des endospores

principalement des habitants du sol (Bacillus, Clostridium botulinum, C. tetani, C. perfringens, C. acetobutylicum)

Section 14: les bâtonnets non sporulants réguliers

généralement non-mobiles. Lactobacillus

Section 15: les bâtonnets non sporulants irréguliers

forme irrégulière

Section 16: les mycobactéries

bacilles incurvés ou droits, se ramifiant parfois, à croissance lente, acido-alcoolo-résistantes

Section 17: les nocardioformes

arrangement filamenteux aérien

Les Gram - à propriétés distinctes, cyanobactéries et archaébactéries: importance écologique
 

Section 18: Les phototrophes non productrices d'oxygène

utilisent le sulfure d'hydrogène, le soufre, l'hydrogène ou une matière organique comme source d'électron

Section 19: les phototrophes productrices d'oxygène

utilisent l'eau comme source d'électron

Section 20: les chimiolithotrophes aérobies et organismes apparentés

Tirent leur énergie et leurs électrons de substances inorganiques réduites

Section 21: les bourgeonnantes et/ou appendiculées

Section 22: les engainées

Section 23: les mobiles par glissement, sans fructification, chimiotrophes

dépourvues de flagelles, immobiles en milieu liquide.

Section 24: les mobiles par glissement, avec fructifications (mixobactéries)

idem. cycle de reproduction complexe

Section 25: les archaébactéries

diffèrent des autres procaryotes et des eucaryotes

Les actinomycètes (Gram + filamenteuse, très similaire au Fungi)
 

Section 26: les nocardioformes

idem qu'à la section 17

Section 27: à sporanges multiloculaires

Section 28: les actinoplanètes

Section 29: les streptomycètes et apparentés

production d'antibiotiques

Section 30: les maduromycètes

Section 31: les thermomonospora et apparentés

Section 32: les thermoactinomycètes

Section 33: les autres genres

Pour télécharger un organigramme permettant d'identifier la section du Bergey's à laquelle appartient une bactérie, cliquez ici.

Pour visionner des vidéos de techniques de laboratoire de microbiologie, cliquez ci-dessous:

·        Vidéo 1

·        Vidéo 2

·        Vidéo 3

Quelles sont les principales utilités des autres types de micro-organismes, particulièrement des cellules animales?

Pour en savoir un petit plus sur les frontières du monde vivant, cliquez ici